Jean Baillaud est actuellement à la tête du bureau des affaires militaires du Département des opérations de maintien de la paix (DOMP-ONU). Il est Commandant en second de la MONUSCO, après le Lt. Gen. brésilien Carlos dos Santos Cruz.
Il est arrivé à Goma le 27 mai 2013.
En 1999, à 41 ans, Jean Baillaud prend la tête de feu le 9e-RCP (Régiment de chasseurs parachutistes), à la suite du colonel Frédéric Servera. Le Saint-cyrien arrive d’une mission de deux ans au Canada, en tant qu’instructeur à l’école supérieure interarmes de l’armée canadienne, à Toronto.
Il aura également été chargé des Affaires militaires auprès de la mission permanente de la France au sein de l’ONU.
Jean Baillaud est l’un des théoriciens de ce que l’on appelle « l’approche globale » au sein du Département des opérations de maintien de la paix de l’ONU, ainsi que de la doctrine du maintien de la paix "robuste".
Cet été, comme son collègue de l’armée de terre, également général de brigade, Grégoire de Saint Quentin, Jean Baillaud a été promu au grade de Commandeur de la Légion d’Honneur (Décret du 28 juin 2013, JORF n°0150 du 30 juin 2013).